1. ก่อนเริ่มเรื่องไกลมาก ๆ (First Impact)

มีวัตถุลึกลับ 2 ชิ้นตกลงมาบนโลก ซึ่งในภายหลังจะเรียกว่าดวงจันทร์สีขาวและดวงจันทร์สีดำ ในวัตถุทั้งสองมี เทวทูตสำดับที่ 1 อดัม และเทวทูตลำดับที่ 2 ลิลิธ ตามลำดับ เรียกเหตุการณ์ที่ว่า First Impact

ต่อมา เทวทูตลำดับที่ 3-16 ได้กำเนิดขึ้นมาจากอดัม (เทวทูตลำดับที่ 17 เกิดขึ้นมาในภายหลัง) และเทวทูตลำดับที่ 18 มนุษย์ เกิดจากลิลิธ

2. ก่อนเริ่มเรื่องนิดหน่อย (Second Impact)

Gendou Rokubungi เริ่มจีบ Yui Ikari และเริ่มติดต่อกับ Seele เพื่อร่วมมือกันทำตามคำทำนายในคัมภีร์ Dead Sea

ต่อมา Gendou และได้ไปร่วมทำงานวิจัยที่ขั้วโลกใต้กับ Dr. Katsuragi (พ่อของมิซาโตะ) ทีมวิจัยพยายาม ใส่ DNA เขาไปในแกนของอดัม เพื่อวิจัยเรื่องแกน S2 (แกนกลางสีแดงของเทวทูต) ทำให้ประตูแห่งกัลฟ์ (Door of Guf) เปิดออก และเกิดการระเบิดครั้งใหญ่คือ Second Impact

พลังงานที่ปล่อยออกมาจาก Second Impact ทำให้ขั้วโลกใต้ละลายและเกิดน้ำท่วมใหญ่ทั่วโลก ส่วนอดัมก็หดลงกลายเป็นตัวอ่อน ในขณะที่ DNA ที่ทีมวิจัยทดลองก็กลายเป็นเทวทูตลำดับที่ 17 ที่รับเอาจิตใจของอดัมมาส่วนนึง

หลังจากนั้น มีการก่อตั้งองค์กร Gehirn เพื่อวิจัยเรื่อง Eva ร่างโคลนของเทวทูตที่ขับเคลื่อนด้วยการใส่คนเข้าไปเพื่อเป็นวิญญาณในการสั่งการ

งานวิจัย Eva ประสบอุบัติเหตุ ทำให้ Yui โดนกลืนไปติดอยู่ใน Eva-01 ทำให้งานวิจับหยุดชะงัก Gendou ต้องส่ง Shinji ไปอยู่กับคนรู้จักที่บ้านนอก

หลังจากจัดการเรื่อง Shinji แล้ว Gendou ก็ลงมือสร้าง Rei ขึ้นมาโดยการโคลนนิ่ง Yui แล้วนำเอาชิ้นส่วนวิญญาณของลิลิธมาใส่ (ลิลิธโดนตรึงกางเขนอยู่ใต้ Geo Front แต่ Gendou หลอกทุกคน ขนาด Kaworu ที่เป็นเทวทูตลำดับที่ 17 ยังโดนหลอกว่าเป็นอดัมที่ถูกขังไว้ใต้ Geo Front)

Rei ร่างโคลนแรก ปั่นหัว Dr.Naoko (แม่ของริทสึโกะ) จนโดน ดร. บีบคอจนตาย ก่อนที่ ดร. จะยิงตัวเองตาม ทำให้ Gehirn ถูกยุบ ก่อนจะเปลี่ยนชื่อเป็น NERV

เป้าหมายของ NERV คือการทำให้คำทำนายเป็นจริง โดยการทำให้เกิด Third Impact แล้วหลอมรวมวิญญาณของมนุษย์ทุกคนเป็นหนึ่งเดียว

3. เส้นเรื่องหลัก TV Series

ตรงนี้น่าจะคุ้นกันทุกคนไปเร็ว ๆ เลยละกัน Gendou ตาม Shinji มาเพื่อขับ Eva-01 ปราบเทวทูตลำดับที่ 3 หลังจากนั้นก็เป็นไปตามในอนิเมะ

เหตุการณ์สำคัญคือ Shinji โดนเทวทูตกลืนไป แล้วดึงเอาความทรงจำมาปั่นหัว จนเกิดภาวะช็อค ส่วน Asuka ก็กำลังแย่เพราะค่า sync กับ Eva-02 ลดลงเรื่อย ๆ

หลังจากนั้นเกิดเหตุการณ์ เทวทูตแทรกแซง Eva-03 ซึ่ง Shinji ปฏิเสธไม่ยอมทำลาย Eva-03 หน่วยเหนือจึงเปิดใช้ Dummy System ทำให้ Eva-01 คลั่งทำลาย Eva-03 และควักเอา Entry Plug ออกมาขยี้

Shinji เห็น Touji (เพื่อนร่วมห้องของชินจิ) ในซาก Entry Plug จึงเกิดคลั่งบังคับ Eva-01 บุกทำลาย Geo Front ก่อนถูกจับและขังไว้ ในการพิจารณาคดี Shinji จึงลาออกจากการเป็นพลขับ Eva และขอออกจาก NERV

เทวทูตตนต่อมาบุกโจมตี NERV ทำให้ Shinji ต้องจำใจกลับมาขับ Eva-01 ออกไปสู้ แต่เพราะสายพลังงานขาด Shinji จึงบังคับให้ Eva-01 คลั่งแล้วปลุก Yui ขึ้นมาเพื่อปราบเทวทูต แลกกลับการสลายร่างกายของ Shinji กลายเป็นส่วนหนึ่งใน LCL ในหลอด Entry Plug

Asuka ถูกเทวทูตโจมตีจิตใจจนไม่สามารถขับ Eva-02 ได้อีก ส่วน Rei ถูกเทวทูตแทรกแซง จนต้องระเบิดตัวเองไปพร้อมกับเทวทูต NERV เรียกพลขับลำดับที่ 5 Kaworu Nagisa มาเพื่อเติมกำลังรบ

Kaworu เผยความจริงว่าเป็นเทวทูตลำดับที่ 17 และโดน Shinij สังหาร Shinji สภาพจิตย่ำแย่อย่างหนักหลังจากนี้ นำไปสู่ฉากในตำนานในโรงพยาบาลกับ Asuka หลังจากนี้ Shinji จะจิตตกอย่างหนัก ไม่ตอบรับกับอะไรทั้งนั้น

Seele สั่งกองทหารบุก NERV ตรงนี้ Asuka ถูก Eva-series รุมกินโต๊ะ ส่วน Gendou พา Rei ร่างโคลนมาเพื่อจะทำ Third Impact แต่ถูก Rei ปฏิเสธและชิงเอาอดัมไป

Rei รวมร่างกับลิลิธที่อยู่ใต้ dogma ทำให้ Door of Guf เปิด เพราะอดัมที่ถือครองผลแห่งชีวิตและลิลิธที่ถือครองผลแห่งปัญญารวมกันเป็นหนึ่ง

ํYui กับ Rei ถาม Shinji ว่าต้องการให้ทุกคนรวมกันเป็น LCL หรือไม่ Shinji ปฏิเสธ อยากให้มนุษย์เรื่องชีวิตด้วยตัวเอง เลยกลายเป็นฉากจบหาดทรายทะเลน้ำส้ม